La tercera temporada esta basada en los mismos principios básicos de la novela El Laberinto del Mal de James Luceno. Sigue de cerca el diagrama del libro, pero existen alguna diferencias entre ellos ya que fueron producidos por separado. Esta temporada se centra en la historia de Anakin y su relación con Obi-Wan en la guerra. Además supone un prólogo a los eventos de La Venganza de los Sith, terminando exactamente en el punto en el que comienza el film.